大家好，我目前想要通过afni的animal_warper功能（https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/programs/@animal_warper_sphx.html#demos-tutorials-and-online-docs）将我的食蟹猴的结构像与模板进行配准并进行剥头骨，目前遇到的问题是我的图像方向和模板方向相差很大，矢状位和轴状位都不同，我根据之前请教的经验使用mri_convert --in_orientation RIA 命令，但是生成的图像并不满足我的要求。想请教大家什么命令可以满足我的图像调整需求呢？谢谢大家！
我仔细想了一下，好像要调整的不是左右方向，而是前后方向？
可以尝试一下ITK-SNAP的Reorient Image功能来进行图像方向的调整，这样可以可视化，没那么抽象。
知道这批数据的方向如何调整之后，就可以写代码批量处理了。
你可以先通过mri_info命令（FreeSurfer的命令）显示出你的文件和模板文件的朝向是什么？
mri_info --orientation your_filename
尝试了十种方法之后终于解决了！mricrogl里面有一个“reorient”功能，可以自己定义自己的方向，然后直接保存即可
好的谢谢你的解答！我后面是发现mricrogl里面有一个功能“import->tools->rotation”，可以自己定义不同箭头的指向，最后直接保存即可，确实是可视化的方法更加直观，不过这个方法好像不能代码批量实现，我后面试试您推荐的软件！感谢您