大家好,
我有个被试在跑recon-all时,出现了报错,显示没有通过talairach check。然后我在网上百度找到了官方的解决教程:
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/Talairach_freeview
但是我按照教程操作,输入( fs是我的被试文件夹)
freeview -v fs/mri/T1.mgz -v fs/mri/brainmask.mgz:reg=fs/mri/transforms/talairach.xfm
出现报错:
Not reading in xfm fileinfo
然后我继续按教程输入下一条命令:这里教程给的是–surf orig,但是这样找不到orig,我也不知道是不是没生成,我看mri文件夹下有一个orig,就改成–surf fs/mri/orig了。
tkregisterfv --s fs --fstal --surf fs/mri/orig
之后跳出来的界面跟教程给的也完全不一样,最重要的是没有教程里的绿色框框。
然后我在wiki里查找,有人之前问过这个问题,我跟他的报错是一模一样的,但是好像没人回复他:'(,这是那个帖子:
https://www.mail-archive.com/freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu/msg70157.html
请问大家这个问题该如何解决呢?看起来好像是t1w头动太大,偏离了,导致配准到talairach效果很差? 我突然想到在dpabi里处理功能像时,有个手动对T1w进行reorient,不知道那个reoriented的T1w能不能提出来当作原始T1w做recon-all?
提前谢谢!