freesurfer talairach check报错

大家好,

我有个被试在跑recon-all时,出现了报错,显示没有通过talairach check。然后我在网上百度找到了官方的解决教程:
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/Talairach_freeview
但是我按照教程操作,输入( fs是我的被试文件夹)

freeview -v fs/mri/T1.mgz -v fs/mri/brainmask.mgz:reg=fs/mri/transforms/talairach.xfm

出现报错:

Not reading in xfm fileinfo

然后我继续按教程输入下一条命令:这里教程给的是–surf orig,但是这样找不到orig,我也不知道是不是没生成,我看mri文件夹下有一个orig,就改成–surf fs/mri/orig了。

tkregisterfv --s fs --fstal --surf fs/mri/orig

之后跳出来的界面跟教程给的也完全不一样,最重要的是没有教程里的绿色框框。
然后我在wiki里查找,有人之前问过这个问题,我跟他的报错是一模一样的,但是好像没人回复他:'(,这是那个帖子:
https://www.mail-archive.com/freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu/msg70157.html

请问大家这个问题该如何解决呢?看起来好像是t1w头动太大,偏离了,导致配准到talairach效果很差? 我突然想到在dpabi里处理功能像时,有个手动对T1w进行reorient,不知道那个reoriented的T1w能不能提出来当作原始T1w做recon-all?

提前谢谢!

(1)我以前找到的检查配准的方法是(来源:https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/talairach_avi):

tkregister2 --targ $FREESURFER_HOME/average/711-2C_as_mni_average_305.4dfp.img --mov ./T1.mgz --xfm ./transforms/talairach.xfm --reg tmp.reg

(2)手动配准还是太麻烦了,也许你可以看看失败的被试有什么特点,和其他成功的被试有什么不同。如果是数据质量问题,就排除算了。
(3)我不太清楚用SPM处理后的结果直接放到FS里跑会不会有问题。不过可以检查一下,图像原点是否有问题。

我试了你给的代码,还是显示“not reading inxfm fileinfo"。
我看结构像看不出有太大问题,不过这批病人都是脑损非常严重的。由于被试数量实在太少,所以还是想尽可能补救

你使用的是FS 7+?我用的是FS6。也许可以试试新版的CAT12,我觉得这个软件某些时候效果比FS要好一些。

是的,我用的是FS 7,我看别人也说这个代码在6能行得通。那我看看CAT12,谢谢Alex老师