ANTs配准

问答讨论
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老师好，我想把fsl概率性纤维追踪生成的fdt_paths.nii.gz配准到标准空间分析，前面提取ROI时进行了ANTs，将图谱从标准空间配准到弥散空间，生成的配准文件包括standard2struct_0GenericAffine.mat、standard2struct_1InverseWarp.nii.gz、standard2struct_1Warp.nii.gz、standard2struct_InverseWarped.nii.gz、standard2struct_Warped.nii.gz、struct2diff_0GenericAffine.mat、struct2diff_InverseWarped.nii.gz、struct2diff_Warped.nii.gz。

请问老师，可以利用这些配准文件进行fdt_paths.nii.gz到标准空间的配准吗？用如下代码生成的文件与标准空间不匹配，是需要重新进行diff到sandard的配准吗？谢谢老师

antsApplyTransforms -d 3 -i fdt_paths.nii.gz
-o fdt_paths_in_standard.nii.gz
-r MNI152_T1_1mm_brain.nii.gz
-t standard2struct_1InverseWarp.nii.gz
-t standard2struct_0GenericAffine.mat
-t struct2diff_0GenericAffine.mat -e 3

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你的命令用法有误，应该是：

antsApplyTransforms -d 3 -i fdt_paths.nii.gz \
   -o fdt_paths_in_standard.nii.gz \
   -r MNI152_T1_1mm_brain.nii.gz \
   -t [struct2diff_0GenericAffine.mat,1] \
   -t [standard2struct_0GenericAffine.mat,1] \
   -t standard2struct_1InverseWarp.nii.gz

你可以仔细看看ANTs的wiki：https://github.com/ANTsX/ANTs/wiki/Forward-and-inverse-warps-for-warping-images,-pointsets-and-Jacobians

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感谢，我学习一下。