鱼子酱
2022 年9 月 9 日 12:27
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我用ubuntu系统下的matlab2014a+DPABI_V6.0跑静息态预处理和提取时间序列,整个过程都没有报错,但是不知道为啥跑出来的FisherZ矩阵是空的,只有一个Inf在里面。
模板我用的是BNA_246。
我之前跑过这批数据不是空的,但是之前用MRIConvert转格式,发现会flip结构像,所以改用了dicom sort+MRICroGL的组合转格式。
不管我放进去的是.nii.gz还是.nii还是3D图,出来的矩阵都是空的,可是过程中并不会报错,很奇怪。求问有人遇到过这种情况吗?或者大家有更好的软件或workflow推荐吗?谢谢
鱼子酱
2022 年9 月 9 日 12:52
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补充FisherZ矩阵和FC.txt。我的数据时间点,去除前5个以后还剩235,按道理FC矩阵应该是235*246的矩阵,但是不知道为啥是235*1的矩阵。可能是因为这个原因,所以FisherZ矩阵为空。可是就算我换成DPABI自带的BNA_246模板,还是一样的结果。
鱼子酱
2022 年9 月 9 日 13:07
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我刚才试了下aal116,可以生成完整的116x116的矩阵。。可能是BNA_246的问题。
我还有个想问的,看命令行窗口dpabi是不是会自动把atlas重采样到功能像空间?
Alex
2022 年9 月 10 日 01:06
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从你这两个图看起来,似乎只检测到一个ROI,所以只有一条时间序列和一个相关系数。我对dpabi不熟,我感觉你也许不应该选择Functional Connectivity 这个选项,这个选项似乎是做seed-based FC的。我理解的正确的做法是,选择Extract ROI time courses 并且在Define ROI 选择分区模板。
Alex
2022 年9 月 10 日 01:09
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那确实挺奇怪的。除了换分区模板,其他都一样吗?你第二问题我不清楚,没深入了解过,我估计只是修改一下分辨率吧,应该模板默认都是MNI空间的。
鱼子酱
2022 年9 月 10 日 05:39
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其他都一样。后续我又在win10上试了dpabi自带的BNA_246,这次矩阵是全部ROI都有了。
第二个问题我不是太懂,如果只是修改分辨率,就是自带的BNA246是1.25mm的,我的功能像是33 3的,那我还需要另外把BNA246重采样到33 3吗?还是说修改分辨率就是指重采样?都是MNI空间的。
Alex
2022 年9 月 10 日 07:22
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好吧,那可能就是软件的bug吧。我说的修改分辨率就是重采样的意思。一般提到重采样要么就是改变分辨率(空间不变),要么就是在配准过程中把一个图像转换到另一个空间。显然这里不太可能是后者,因为没有涉及到转换矩阵或者变形场的文件。
鱼子酱
2022 年9 月 11 日 06:55
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好的!谢谢Alex。DPABI虽然莫名其妙的bug挺多,但是胜在操作傻瓜 所以虐我千百遍,但我一直没放弃它
Xigua
2022 年12 月 7 日 03:38
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这个问题我也遇到过,可能是DPABI自动设置的参数IsMultipleLabel识别的问题。
我导入外来的mask,命令行提示这个参数设置为0,也就是不识别为多个Label的mask;使用自带的mask,就会提示这个参数设置为1,也就是识别为多个Label的mask。
所以最后我通过先添加一个自带的mask,再添加外来的mask,再删除自带的mask使这个IsMultipleLabel保持为1,最后可以成功提取矩阵。