网络内的差异，是指分别提取病人和对照组的某个网络，也就是某一个成分图，进行双样本t检验对吧？那么网络间的差异怎么做，是在每个网络内找一个ROI还是，说以整个网络为一个ROI，然后用什么软件，具体怎么做呢，之前做基于ROI的FC分析，我是用dpabi做的，然后用gretna分析的，这个ICA的网络间是怎么做的，求指导，
网络间的功能连接一般称为FNC (functional network connectivity)，是以整个网络（成分）整体为单位的，使用的是成分对应的时间序列计算相关得到的。如果是使用GIFT进行的ICA分析，那么会自动生成一个名为*postprocess_results.mat的文件，里面有个fnc_corrs_all的变量，存放的就是FNC的结果（仅限于我自己使用过的版本）。此外你也可以根据timecourses文件进行计算FNC。
看了一下，这个FNC_corrs_all里面是mat格式的文件，包含了4个表格吧，怎么单独提取出来，另外这个具体比较FNC还是，继续用组比较，用什么软件呢？gretna吗，另外这个网络间的功能连接，可以作图吗？
fnc_corrs_all应该是一个subjects * session * components * components的数组，表示的是每个被试（假设只有一个session）所有成分之间的相关系数，就类似于对功能连接矩阵可以做的所有处理，你可以直接对相关系数进行统计，也可以进一步做图论分析，也可以可视化。至于具体用什么软件做，GIFT好像也可以，但是我没用过。如果你做过功能连接矩阵的分析，使用相同的软件即可。
就是之前的文件是txt文件做的，这个.mat怎么提取变成txt呢，您之前是怎么对相关系数做的统计？什么软件
如果你希望每个被试的FNC矩阵是一个.txt文件的话，可以先把数据保存成txt文件，比如保存第一个被试的矩阵：
sub1 = squeeze(fnc_corrs_all(1,:,:,:));
dlmwrite('sub01.txt',sub1,'delimiter',' ');
通过修改上面的1，就是保存其他被试的。