请问 tbss_2_reg -T 跑完没有_FA_to_target_warp.nii.g 文件，无法运行tbss_3_postreg -S，会是什么原因呀？
有什么报错信息吗？
- tbss_1_preproc *.nii.gz
显示：
processing CD047_fa
Now running “slicesdir” to generate report of all input images
Finished. To view, point your web browser at
file:/media/sf_DTI/mytbss_3/FA/slicesdir/index.html - tbss_2_reg -T
显示CD047_fa_FA_to_target
41711 - tbss_3_postreg -S
显示using pre-chosen target for registration
transforming all FA images into MNI152 space
ERROR:: cannot find the following warp results:
CD047_fa_FA_to_target_warp
Please wait for registration (fnirt) to finish or re-run registrations
老师，然后在tbss_logs文件夹里的tbss_2_reg.e41711.1文件显示：
terminate called after throwing an instance of ‘NEWMAT::SingularException’
Aborted (core dumped)
Cannot open volume CD047_fa_FA_to_target_warp for reading!
Image Exception : #22 :: ERROR: Could not open image CD047_fa_FA_to_target_tmp
老师，在tbss_logs文件夹里的tbss_2_reg.e41711.1文件还显示：
terminate called after throwing an instance of ‘NEWMAT::SingularException’
Aborted (core dumped)
Cannot open volume CD047_fa_FA_to_target_warp for reading!
Image Exception : #22 :: ERROR: Could not open image CD047_fa_FA_to_target_tmp
看起来确实是第二步配准报错了，但是从报错信息并看不出来为什么。也许你可以换个被试试试？另外，你的FSL版本是什么？
版本是FSL 5.0，是把几十个被试放在一个文件下的，“换个被试”是一次跑一个的意思吗？
具体5.0.x？如果版本太旧，可以考虑升级一下，也许是软件bug。
从描述看，我以为只跑了一个被试（CD047）。确实可以只跑一个被试看看，这样更容易定位问题。
是FSL5.0.8，我更新试试，谢谢老师，之前装的FSL6.0.4,，总是imcp命令报错。
老师，更新后这部分跑成功了，谢谢！
老师，今天发现我的DTI配准不准确，用ANTs配准，是先把T1配准到MNI空间，得到配准后的T1，再把DTI配准到这个T1，检查发现配准后的DTI和T1不齐。我的代码是：
#1. T1配准到模板
antsRegistrationSyN.sh -d 3 -f …/MNI152_T1_2mm_brain.nii.gz -m brainmask.nii.gz -o antsT_
#brainmask.nii.gz是个体 T1 图像并进行了颅骨剥离；生成antsT_Warped.nii.gz表示配准后的T1图像
#2.弥散相配准到配准后T1
antsRegistrationSyN.sh -d 3 -f antsT_Warped.nii.gz -m b0.nii -t r -o antsD_
ConvertTransformFile 3 antsD_0GenericAffine.mat antsD_0GenericAffine.txt
transformconvert antsD_0GenericAffine.txt itk_import antsD_dwi2anatalign_mrtrix.txt -force
mrtransform -linear antsD_dwi2anatalign_mrtrix.txt biascorr.mif align.mif $common -force
得到的align.mif就是配准好的图像。
请问老师，可以看得出哪里有问题吗？
你把b0和转换到MNI空间的T1进行刚体配准，肯定是对不齐的。
你可以把b0和个体T1进行刚体配准，然后再根据b0-T1和T1-MNI152两次配准的结果，把DTI图像转换到MNI152空间（虽然我并不懂为什么要转换到MNI152空间）。
我也没有用过MRtrix，所以不懂后面几步要干啥。
好的，“为什么要转换到MNI152空间”：后面ROI分析，不是要让所有个体在同一空间，用统一坐标嘛？所以我才以为要这么转换的。