关于用PANDA做Probabilistic

大家好,我最近在用PANDA想做概率追踪,但是总是报错,根据log上的报错信息,也没发现是为什么报错,而且每次都在不同的地方报错。
我采用的是BN246的atlas。下面是我的PANDA设置和报错log信息。由于图片大小的限制,可能看不清楚。Probabilistic方法我选的是OPD。
另外我还有个疑问,既然我做的是Prababilistic,但是前面的纤维追踪又只能选 Deterministic Fiber Tracking, 这会有影响嘛?不是很懂,希望有懂行的老师指教,谢谢!
log报错:
/bin/bash: line 1: 27722 killed probtrackx --mode=seedmask -l -c 0.2 -s 1000 --steplength=0.5 -P 5000 --stop=/path/Probabilistic/Label09_OPDtrackNET/Lable09_TermMask.nii.gz -x /path/Probabilistic/Label09_OPDtrackNET/Lable09_SeedMask.nii.gz --forcedir --opd --s2tastext --targetmasks=/path/Probabilistic/Seed2Target.txt -s /path/sub001/native_space.bedpostX/merged -m /path/native_space.bedpostX/ xxxmask.nii.gz(具体文件名没拍到)–dir=/path/Probabilistic/Label09_OPDtrackNET
probtrackx --mode=seedmask -l -c 0.2 -s 1000 --steplength=0.5 -P 5000 --stop=/path/Probabilistic/Label09_OPDtrackNET/Lable09_TermMask.nii.gz -x /path/Probabilistic/Label09_OPDtrackNET/Lable09_SeedMask.nii.gz --forcedir --opd --s2tastext --targetmasks=/path/Probabilistic/Seed2Target.txt -s /path/sub001/native_space.bedpostX/merged -m /path/native_space.bedpostX/ xxxmask.nii.gz(具体文件名没拍到)–dir=/path/Probabilistic/Label09_OPDtrackNET && touch /path/Probabilistic/Label09_OPDtrackNET/ProbabilisticNetwork_03_00001_1.done: Killed


Checking outputs


The output file or directory /path/OutputDone/ProbabilisticNetwork_03_00001.done has not been generated!

ans =
1

你以前有跑通过吗?因为你用的不是默认的atlas,所以不能排除atlas有问题。
另外,你是的用的并行计算吗?会不会有内存不足的问题。

我用的是并行计算,不过是服务器,应该不存在内存不足的问题。
我之前放了一批被试进去,跑通了两个被试。问过师姐也说可能是atlas的问题,她说246是功能模板,所以跑dti可能有问题。

BN246不是功能模板,就是用FSL的概率追踪得到的分区。另一方面,无论是否是依据功能划分的分区模块应该都不会导致报错。服务器如果是多人使用的话,还是有可能内存不足的。

个人建议先按默认模板跑一个被试,看能否跑通。如果能跑通,再更换BN分区跑同一个被试。这样比较好定位问题出现在哪里。

好的,谢谢alex。我后面跑过一次,大部分被试都一次性跑通了。剩下没跑通的,我又load进去从出错的地方重跑了,也跑完了,就是不知道这样中途断了再跑的会不会导致结果不一样

应该没问题。我跑PANDA的时候,有时候就卡住了,没有任何原因,然后接着跑就可以了。接着跑似乎没发现结果有什么问题。

是的,我感觉是PANDA的bug,有时候就是会莫名其妙卡掉,也没有报错。我也检查了一次性跑通的和中断再跑的被试的结果文件没发现什么差异。谢谢Alex