关于antsMultivariateTemplateConstruction2.sh参数设置问题

问答讨论
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关于antsMultivariateTemplateConstruction2.sh参数设置问题这是我在官方页面发布的问题，作者回答了我，但有一些细节我不是很明白，缺少图像这方面的背景知识

https://github.com/ANTsX/ANTs/discussions/1347

我问到了作者关于A maximum of 90 iterations at the coarsest level, 30 at the next coarsest, and 90 at full resolution的参数问题，关于这个参数help文件说明是：

作者在回答中有提及，但说到这个usage帮助说明有一点错误，the coarseness of the levels是由-f命令控制，最终更让我迷惑了：

-q:  Max iterations for each pairwise registration (default = 100x100x70x20)
   specified in the form ...xJxKxL where
   - J = max iterations at coarsest resolution (here, reduced by power of 2^2)
   - K = middle resolution iterations (here, reduced by power of 2)
   - L = fine resolution iterations (here, full resolution).
   - Finer resolutions take much more time per iteration than coarser resolutions.

I’m sorry the usage is a bit wrong here (copied from the older script), the coarseness of the levels is controlled by you with -f. I’ll update it.

-f: Shrink factors (default = 6x4x2x1): Also in the same form as -q max iterations. Needs to have the same number of components.

-s:  Smoothing factors (default = 3x2x1x0):  Also in the same form as -q max iterations.  Needs to have the same number of components.

In the older script, -f and -s were hidden from the user and -f was fixed at powers of 2. So if you said -m 100x100x50x20, it would use shrink factors of 8x4x2x1.

在老版本antsMultivariateTemplateConstruction.sh中，关于Max-iterations in each registration是-m命令，新版本antsMultivariateTemplateConstruction2.sh是-q命令

-m:  Max-iterations in each registration

所以，-q（新版本）或-m（旧版本）与-f之间是不是存在对应关系？
-q/-m不用默认的设置，-f是不是应该跟着变，这个关系应该怎么算，怎么理解？

作者提到So if you said -m 100x100x50x20, it would use shrink factors of 8x4x2x1，原默认设置是-q 100x100x70x20 -f 6x4x2x1，或者-q 30x20x4 -f 4x2x1

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我看cookpa的意思是，如果你用的是旧版脚本，那么-f的设置是固定的。但是在新版里，-q和-f是可以独立设置的，但是要保持数目一致（component）。而cookpa所谓错误是指-q选项里的注释错误。

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诶呀，我一改完你就回复了。噢噢，这一块我懂了。
还有一点是，
如果我要按照这个文献上的A maximum of 90 iterations at the coarsest level, 30 at the next coarsest, and 90 at full resolution这个参数，我应该会写成：
-q 90x30x90 -f 4x2x1 -s 2x1x0
不过默认是default = 100x100x70x20，按着说明，后三位分别是J，K，L，那第一位是代表什么意思？参数写成四位与三位有什么区别？

-q:  Max iterations for each pairwise registration (default = 100x100x70x20):
   specified in the form ...xJxKxL where
   J = max iterations at coarsest resolution (here, reduced by power of 2^2)
   K = middle resolution iterations (here, reduced by power of 2)
   L = fine resolution iteratioxns (here, full resolution).
   Finer resolutions take much more time per iteration than coarser resolutions.
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-q和-f没有对应关系，但是按照cookpa的说法，旧版是没有-f选项的，所以有对应关系，这也就是cookpa所谓新版写错的地方。在新版的注释里-q选项里还是有一句 reduced by power of 2^2等等。-q就是每一个阶段中配准迭代的次数，数值越大越有收敛到最佳值。我觉得一般默认参数都是作者自己调好了的，除非结果不好，才有必要去调整。

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本来我还在改上一条回复的内容。。。
诶呀，我一改完你就回复了。感谢
噢噢，这一块我懂了。
还有一点是，
他的例子当中有-f 4x2x1 -s 2x1x0vox -q 30x20x4，也有-f 6x4x2x1 -s 4x2x1x0vox -q 200x100x50x0
默认是default = 100x100x70x20，也是有四个数，按着说明，后三位分别是J，K，L，那第一位是代表什么意思？参数写成四位与三位有什么区别？
-q: Max iterations for each pairwise registration (default = 100x100x70x20):
specified in the form …xJxKxL where
J = max iterations at coarsest resolution (here, reduced by power of 2^2)
K = middle resolution iterations (here, reduced by power of 2)
L = fine resolution iteratioxns (here, full resolution).
Finer resolutions take much more time per iteration than coarser resolutions.

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我的理解是，整个过程采用的是multi-resolution的策略，最开始就是最粗糙的分辨率下（比如把图像重采样到8mm），然后可能是4mm，最精细的配准是在1mm等等，在每一个分辨率下，都需要多次迭代。所以如果-f是3个数，那么就是三个分辨率阶段，如果是四个数，就是四个分辨率阶段。在每一个分辨率下的迭代次数，通过-q来控制。当然，-f里每个数字的意思可能并不是分辨率的单位，但是表达的意义应该是类似的。

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理解了，非常感谢！！！