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2022 年4 月 15 日 12:55
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各位老师好,我在尝试将一批R1(类似于FA)的volume文件投射至皮层,尝试如下:
cd $R1_sur_path
# register R1 to T1
flirt -in "$sub"_R1_volume_map.nii.gz -ref "$sub"_T.nii.gz -omat "$sub"_R1_to_T1.mat -out "$sub"_R1_in_T1 -dof 12
# register T1 to Surface
bbregister --s fsaverage --mov "$sub"_T.nii.gz --reg "$sub"_MNI152.dat --t1 --init-coreg
# project R1_in_T1 file to surface
mri_vol2surf --mov "$sub"_R1_in_T1.nii.gz --reg "$sub"_MNI152.dat --out R1_in_lh_sur.mgh --hemi lh --projfrac 0.5
mri_vol2surf --mov "$sub"_R1_in_T1.nii.gz --reg "$sub"_MNI152.dat --out R1_in_rh_sur.mgh --hemi rh --projfrac 0.5
1分59秒
2022 年4 月 15 日 12:59
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分别使用如下命令查看结果:
freeview -v R1_in_lh_sur.mgh
,打开之后不显示任何内容;
freeview -f R1_in_lh_sur.mgh
, 提示:terminate called after throwing an instance of 'int' ;Aborted
将R1_in_lh_sur.mgh重命名为R1_lh.thickness,按照查看thickness的方法: freeview -f lh.pial:overlay=R1_lh.thickness
,提示could not determine type of R1_lh.thickness, could not read overlay data from R1_lh.thickness
Alex
2022 年4 月 15 日 13:31
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你这个思路有问题,因为你已经把R1转换到T1空间了,就不需要再用bbregister配准了。至于从T1空间到fsaverage空间的转换应该是用recon-all结果里的sphere.reg文件。
1分59秒
2022 年4 月 15 日 15:22
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所以我的命令应该是这样嘛:
mri_vol2surf --mov "$sub"_R1_in_T1.nii.gz --ref lh.fsaverage.sphere.reg --out R1_in_lh_sur.mgh --hemi lh --projfrac 0.5
Alex
2022 年4 月 15 日 16:16
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我去FreeSurfer的邮件列表里搜了一下,有一个问题和你要做的事情很相似,里面有具体代码和一些相关的讨论,你可以参考一下:https://www.mail-archive.com/fre … d.edu/msg40244.html
如果问题解决了,也可以反馈一下。