请问大家一般如何配置软件环境？具体地，有些软件更新很快，如何在一台电脑上能够保持不同的软件版本？比如有些功能只有在新版本上才有，但是为了维护以前的一些项目，又需要保留旧的版本。我知道的解决方案是用虚拟机，相当于有很多台“电脑”，缺点就是虚拟机性能不如直接在电脑上跑数据。请问你的解决方案是怎样的，最好能解释一下原因？谢谢！
我一般在linux上进行处理，linux上这一点还是比较方便的。
举个例子来说，我想既用freesurfer 7.1.1，又用freesurfer 6.0.1，我会同时编译（或者是直接解压缩包，记不太清楚了）两个版本的freesurfer到机器上。
然后在系统环境(centos是在/etx/profile)设置里，按照当时的需要只写进去其中一个版本的freesurer软件的路径。这样想用别的版本只需要在环境设置里改相应的路径就可以了。
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嗯嗯，就是通过设置路径变量的方式来切换使用的软件版本。谢谢！
一波data处理完后我习惯会把生产环境打包成docker镜像存在实验室硬盘里，方便后面有人（或者自己）要动这批数据，却只修改部分东西
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两年过去了，我目前比较倾向而且在实践的做法是用虚拟机，在虚拟机里可以再同时用其他方法来控制软件版本。之所以用虚拟机是因为我发现，在Linux里像我这样小白水平的用户，很容易把系统搞乱。使用虚拟机就可以保证宿主系统（host OS）是稳定的，我自己随便在虚拟机折腾。如果有一天换了一台电脑，可以直接把虚拟机拷贝到新电脑上就行了，无需再次搭建软件环境。这种方式的缺点就是有资源损耗，不过我更在意可靠性。
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又是一年多过去了，情况发生了一些改变，主要是因为有些软件需要GPU加速，比如一些基于深度学习的分析工具，而像VirtualBox或者VMware workstation这样的虚拟机软件无法调用GPU，会使得分析效率大大降低或者不能充分利用硬件资源。因此，我现在的分析环境就是直接在主机上（相对于在虚拟机而言），在学习一些新软件的时候，就在虚拟机环境下进行测试，等充分熟悉了再安装到主机上。能用docker就用docker。尽可能保证工作环境的稳定可靠。考虑到操作系统本身也有更新的问题，比如我现在用的是Ubuntu 22.04 LTS，官方支持时间是5年，等5年过后就升级一次系统，并更新整个分析环境。我也意识到虽然要保持分析环境的稳定性或者可重复性，但是这种稳定性只能是短期的稳定性（比如5年），从操作系统到分析工具都是在不断更新的，一劳永逸估计是很难实现的。
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