如何提取海马亚区的脑血流量？

问答讨论
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各位老师好，我使用Freesurfer 7.4.1分割了每个被试的海马亚区，做了亚区体积的分析，接下来准备使用3d pcASL的CBF图提取被试的海马亚区的脑血流量，该怎么实现呢？

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  1. 我没有做过CBF的分析，不过我觉得思路和分析fMRI数据是类似的。比如你根据fMRI计算了ALFF指标，如果想提取海马的平均ALFF，应该怎么做呢？一般的做法是，将T1和fMRI进行配准，然后根据配准得到的转换矩阵将海马的mask变换到fMRI空间，然后根据变换后的海马mask和ALFF图像提取均值就行了。另一种做法是，将CBF图像转换到MNI空间，将海马mask也转换到MNI空间，最后在MNI空间完成这个均值提取。这种做法还额外需要获得T1和MNI模板的配准，所以前面的做法是更简单的。
  2. 如果你问题是，具体用什么软件来做，那么大多数软件都可以实现配准，比如FSL，ANTs等等，看你自己熟悉什么软件。如果具体软件使用遇到问题，我们再讨论。
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感谢老师的回复。我是想要提取海马每个亚区的CBF，目前通过两步配准方法将每个被试的CBF配准到MNI模板，但是不会制作海马亚区在MNI空间的mask，之前看到您在其他帖子上提到了将MNI152模板放入到freesurfer中跑一遍，得到的海马亚区分割图像就是MNI空间的mask，我就在网上找了一个模板去跑，但是跑出来的效果不是很好（可能是我选的MNI模板有问题？），请问是否还有其他方法可以获得海马亚区在MNI空间的mask呢？

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如果你已经用FreeSurfer获得了每个被试T1空间的海马mask，为什么不把这个mask也转换到MNI模板空间呢？

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老师，请问是将每个被试分割后的海马亚区图像转换到MNI空间，作为mask，提取CBF上海马亚区的值吗？

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是的。因为海马亚区mask是现成的，直接转换过去就可以提取是很自然的做法。

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好的，谢谢老师！