我使用AAL模板进行了ROI分析,但是在可视化的过程中发现brainnet viewer没有合适的小脑模型用于展示,且文献里有关小脑的可视化一般都是用SUIT的平面展开图,如果要用SUIT可视化意味着我之前的实验需要重新做是吗?如果我想要直接可视化AAL的结果,有什么方法吗?
你提到的ROI分析指的是,比如计算每个脑区的体积,然后用体积指标去做统计分析?如果是这类分析的话,完全取决于你想要的可视化效果。最简单的做法就是直接用volume进行可视化,类似于这种(我在网上搜的图):https://www.researchgate.net/figure/The-ROIs-of-the-cerebellum-The-image-was-transformed-into-the-space-of-the-SUIT-atlas_fig1_352494593
ROI分析是功能连接分析,包括静态动态梯度那些
如果你是功能梯度分析,那么我觉得可能还是flatmap的方式效果会更好一些,主要是比较容易看出梯度变化。我快速看了一下SUIT的flatmap可视化,我感觉可以直接把你用的MNI模板脑区赋上梯度的值以后,用SUIT提供的函数采样到flatmap上进行可视化。如果AAL的分区和SUIT的分区是一致的,也可以直接用SUIT提供的label.gii文件来实现从脑区到顶点的映射。
好的,感谢您!
如果想要在3维空间进行ROI水平的可视化,可以尝试一下neurolabusc/surfice_atlas: Convert NIfTI-format atlases to Surface MZ3 meshes 这个工具
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