如何自行制作BrainNet Viewer下的.nv模板文件

[L.L]

我这边在绘图的时候，绘图的节点都是在皮下组织里，特别是基底节环路中，而BrainNet的模板都是全脑模板，所以我想看看能不能自己弄一个皮下的模板出来，这样的话，画图时显示的就是皮下的组织结构了，绘图效果会更好一些

[Alex]

1. 在BrainNet Viewer文档里有介绍过surface文件（.nv）的格式，我感觉可以先根据皮下核团mask重建出surface表面文件（比如用3D-Slicer或者ITK-Snap，vtk格式），然后再将vtk整理成.nv格式。不过我没有试过，不知道能否行得通。
2. 也许你可以直接发邮件咨询BrainNet Viewer的开发者。

[王豫]

用SPM建立你要的mask.nii，然后可以平滑一下，再送入到render的 extract surface中选择save extract surface，然后在对应文件夹里会生成一个gii文件。
BrainNet Viewer选择nv是改为选择gii格式文件就能选择，但是我做出来图的质量不如他官方给的，但是对于我本科论文够用了

[jingang]

先做一个mask.nii的模板（可以是mask，也可以是标准空间提取的roi合并），然后参考一下官方的生成.nv文件的代码BrainNet_GenSurface.m，直接用ai会说的非常详细