用cat12的VBM默认流程处理7T结构像的问题

问答讨论
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我用spm12下的工具cat12进行7T结构像的VBM分析，我一共有17个被试，每个被试包含两个时间点，我想纵向比较这两个时间点的灰质体积变化，所以做了配对t检验，映射模版为ch2，但检验激活结果有些跑到白质上去了，目前不知道问题出在哪。第二张图是时间点1>时间点2的激活结构，后三张是cat12里面的参数设置，因为我的数据分辨率是0.7mm，所以在voxel size那里改成了0.7，配准方法用的dartel，模版路径为：D:\MATLAB\spm12\toolbox\cat12\templates_MNI152NLin2009cAsym\Template_1_Dartel.nii

目前考虑可能是ch2模版的问题，但换了MNI152模版（0.74mm）依然偏离，因此我想找一个专用于7T的映射模版但没有找到，现在怀疑可能是Template_1_Dartel.nii模版导致配准出现误差，但这个模版应该找什么替换掉呢，自己创建一个自己被试的dartel模版可不可行呢

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  1. 确实不能用Ch2模板，可以用CAT12目录下的templates_MNI152NLin2009cAsym/Template_T1.nii文件来可视化，因为这个文件所表示的空间才是CAT12标准化后的MNI空间。
  2. 也可以考虑计算所有被试的平均灰质图，用这个图像作为背景图像来可视化，因为当前样本的沟回特征可能与模板的不同，所以灰质的差异可能落在模板的白质里。
  3. 如果这两种做法不能解决问题我们再讨论其他可能性。
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老师您说的第二种解决方式，计算被试的平均灰质图应该是在被试的个体空间吧，这样我要想找某激活点坐标对应的脑区应该怎么找呢，还是说用这些被试创建一个dartel模版然后再配到MNI空间，然后把激活结果映射到这个标准的dartel模版上吗

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我还有几个问题想要请教一下老师：1.cat12里面有shooting和dartel两种配准方法，这两种方法哪一个更好呢，我看cat12手册里说shooting是dartel的改进版 2.我的MRI数据是7T的，分辨率比较高，cat12在分割的时候是根据TPM模版来的吗，如果是的话这种高分辨率的优势可以在分割中体现出来吗 3.在voxel size这里改成0.7mm是不是没有意义，因为这里的配置模版都是1.5mm的，改成0.7mm仅仅是上采样，原始的高分辨率信息已经没有了

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所有被试只有都位于相同的空间（也就是MNI空间）才能平均，所以平均的灰质图是位于MNI空间的。

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  1. 用CAT12默认的就行了（在较新的版本里应该是shooting方法），默认的一般适用于大多数情况的数据。
  2. 分割是在个体空间进行的，所以就是0.7mm（我记不太清了？），你可以检查个体空间的分割结果来确认这一点。图像分辨率高，对于不同组织的分割应该是更准确的，不论后面是在什么分辨率下进行分析的。
  3. CAT12的MNI模板是1.5mm，所以模板的解剖信息是相对模糊的，这意味着有些结构的配准可能不准确。比如如果是很小的结构，个体图像上能分辨，但是模板上看不清，那么这个结构很可能是没有对齐的。但是如果保持输出图像的分辨率（也就是你在voxel size这里改成0.7mm），那么高分辨率信息还是保持了的，只是能否在被试间对齐的问题。配准的算法细节我并不是很清楚，所以只是个人的理解，不一定对。
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另外，我注意到你似乎认为，图像转换的过程是先从个体的0.7mm重采样到模板的1.5mm，然后再重采样到0.7mm。实际上转换是直接从个体的0.7mm采样到模板空间的0.7mm，尽管变形场是根据1.5mm的模板估计的。

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受教了，感谢老师！