CAT12 分割后灰质体积提取

问答讨论
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请问下，自己写代码提取灰质体积和用CAT12的pipeline中process volume ROI的使用atlas生成的catROI*.mat 同样的模板结果不太一样，有没有大佬可以解答下以及推荐哪种方式，谢谢大家~


GMpath = dir(fullfile(path1,subs(s).name,‘\mri\mwp1*.nii’));
GM = y_Read(fullfile(GMpath.folder,GMpath.name));
col = 0;
for m = 1 :rois
    col = col + 1;
    GMvalue = GM(mask == m);
    GMvalue(isnan(GMvalue)) = [];
    HC_GM(count,col) = mean(GMvalue(:));

end

代码结果：

image

cat.ROI*.mat 对应模板.vgm结果

image

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  1. 首先单位不一样，CAT的ROI结果的单位应该是cm^3，而通过计算mwp1的脑区均值得到的应该是灰质比例（无单位），要乘上脑区体积才能得到灰质体积。
  2. CAT的ROI结果的计算方法应该是将atlas转换到个体空间计算的，而不是在MNI空间进行，可以参考这个帖子：https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/wa-jisc.exe?A2=ind2104&L=SPM&D=0&P=191522
  3. 我个人觉得两种计算方式都是可以的，在MNI空间提取更简单。
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谢谢老师！