文章回复：关于不同设备之间的一致性

问答讨论
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各位老师好，我一篇应用VBM和TBSS分析脑损伤的文章，MRI序列那部分写了三个不同设备，图像分析那部分就只写了VBM和TBSS分析的流程，现在审稿专家有质疑：Data were acquired from multiple vendors (GE, Siemens, Philips), but no harmonization strategy was applied. Scanner effects are well known to introduce bias into both VBM and DTI analyses.

如果我回复，VBM分析中，我们使用了DARTEL算法对MNI模板进行非线性归一化，这种方法通过将组织概率图对齐到一个共同的空间框架来最大限度地减少扫描仪之间的解剖差异，我们进一步应用调制来补偿归一化带来的体积变化。

TBSS分析中，头部运动/涡流校正，梯度方向调整和脑罩提取，然后使用相同的FA阈值（0.20）进行tbss中骨架化的张量拟合；这些步骤减少了可能影响FA值计算。这样可以吗？

还是说我要重新处理一下，采用 ComBat 方法，进行harmonization？

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按照我对于scanner effect的理解，你现在的做法是没办法去除scanner effect的。bias的严重程度，要看你的样本分布情况；假设有两组，每组被试都有三种机器扫描的数据，那么这个scanner effect可能不会bias最后的结果；如果一组被试是一个机器扫描的，一组被试是另外两台机器扫描的，那么组间差异可能完全是机器型号导致的，而且这个scanner effect是很难校正的。除了combat，比较简单是将scanner作为一个分类变量，并纳入回归模型中当作协变量，这样工作量小一些。