7T的T1数据如何构建基于所有被试的海马亚区mask

问答讨论
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想请问大家，现在已经跑出来所有被试的海马亚区分割结果，得到了如下文件：
lh.hippoAmygLabels-T1-MyHippoAnalysis.v22.CA.FSvoxelSpace.mgz
lh.hippoAmygLabels-T1-MyHippoAnalysis.v22.CA.mgz
lh.hippoAmygLabels-T1-MyHippoAnalysis.v22.FS60.FSvoxelSpace.mgz
lh.hippoAmygLabels-T1-MyHippoAnalysis.v22.FS60.mgz
lh.hippoAmygLabels-T1-MyHippoAnalysis.v22.FSvoxelSpace.mgz
lh.hippoAmygLabels-T1-MyHippoAnalysis.v22.HBT.FSvoxelSpace.mgz
lh.hippoAmygLabels-T1-MyHippoAnalysis.v22.HBT.mgz
lh.hippoAmygLabels-T1-MyHippoAnalysis.v22.mgz
我该用里面哪一个去构建能适用于所有被试的海马亚区mask？该如何构建？

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  1. CA/FS60/HBT是对亚区合并以后的结果，不带这些字符的是全部亚区。如果你需要最精细的亚区，就看不带这些字符的文件。CA/FS60/HBT的具体合并方案可以参考官方的文档：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/HippocampalSubfieldsAndNucleiOfAmygdala
  2. FSvoxel和不带FSvoxel字符的是分辨率不同，可以参考以前的讨论：https://brainbbs.cn/t/topic/730
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好的，谢谢老师！老师，我还想问一下，如何能对亚区文件构建mask呢？因为我使用的是7T数据，应该只能基于这些被试进行配准，但我之前尝试过，发现构建的mask文件overlay不上被试的T1文件上的海马区域。详情老师简单指导一下。

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我没明白你的意思，什么叫构建mask或者说要构建什么mask？分割得到的亚区文件本身就是mask。你可以具体说一下想要做的分析。

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老师，我是想基于我这批被试制作一个总的组水平的mask，现在得到的亚区文件都是基于各个被试的，我想得到一个组水平的mask。能适用于这批的所有被试

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你的意思是不是希望得到一个MNI空间的海马亚区mask，这样不同被试只要转换到MNI空间了，都可以使用这个mask。如果是这样，最简单就是将所有被试的T1图像转换到MNI空间，然后获得一个平均T1图像，然后用FreeSurfer去分割这个位于MNI空间的平均T1图像，这样就可以获得位于MNI空间的海马亚区mask。类似的问题，前面有讨论过：https://brainbbs.cn/t/topic/867

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好的 我明白了，谢谢老师，我试一下！